Video: Was ist eine BAM-Indexdatei?
2024 Autor: Lynn Donovan | [email protected]. Zuletzt bearbeitet: 2023-12-15 23:42
EIN BAM-Datei (. bam ) ist die binäre Version eines SAM Datei . Ein SAM Datei (. sam) ist ein tabulatorgetrennter Text Datei die Sequenz-Alignment-Daten enthält. Indizierung : IGV erfordert, dass sowohl SAM als auch BAM-Dateien nach Position sortiert werden und indexiert , und dass die Indexdateien folgen einer bestimmten Namenskonvention.
Ebenso fragen die Leute, wie öffne ich eine BAM-Datei?
Von dem Datei Menü wählen Offen und wählen Sie BAM-Dateien von der linken Seite. Wählen Sie auf der rechten Seite die Schaltfläche "Hinzufügen" aus BAM-Datei . Navigieren Sie zum BAM Prüfen Dateien Ordner, den Sie heruntergeladen haben, wählen Sie with_index_with_graph. Klicken Offen , Karte auswählen.
Zweitens, wie konvertiere ich eine BAM-Datei in Fastq? Unten sind die Schritte zum Konvertieren der BAM-Datei in das FASTQ-Format. Dies funktioniert unter Linux und erfordert SAMTOOLS und BEDTOOLS
- Laden Sie SAMTOOLS herunter.
- Extrahieren Sie mit dem Befehl tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Es wird einen Ordner mit dem Namen samtools-version erstellen.
- Wechseln Sie in das Verzeichnis cd samtools-version.
Wie konvertiere ich eine BAM-Datei in eine SAM-Datei?
Zu SAM umwandeln zu BAM , verwenden wir den Befehl samtools view. Wir müssen angeben, dass unsere Eingabe in. ist SAM-Format (standardmäßig erwartet es BAM ) mit der Option -S. Wir müssen auch sagen, dass wir wollen, dass die Ausgabe BAM (standardmäßig produziert es BAM ) mit der Option -b.
Was macht die Samtools-Ansicht?
Samtools ist eine Reihe von Dienstprogrammen, die Ausrichtungen im BAM-Format bearbeiten. Es importiert aus und exportiert in das SAM-Format (Sequence Alignment/Map), tut Sortieren, Zusammenführen und Indizieren und ermöglicht das schnelle Abrufen von Lesevorgängen in beliebigen Regionen. Samtools ist für die Arbeit mit einem Stream konzipiert.
Empfohlen:
Ist es gefährlich, eine Nebenstelle an eine Nebenstelle anzuschließen?
Können Sie Verlängerungskabel an ein anderes Verlängerungskabel anschließen? Auch hier ist dies technisch möglich, wird jedoch nicht empfohlen, da dies als Brandgefahr gilt. Wenn Sie anfangen, Verlängerungskabel hinzuzufügen, laufen Sie Gefahr, die Laufzeit zu lang zu machen und Ihre Geräte zu schwach zu machen – nicht sicher
Ist Unit-Testing eine Whitebox oder eine Blackbox?
Das heißt, Unit-Test bezieht sich auf die Ebene, auf der der Test in der Struktur des Systems stattfindet, während White- und Black-Box-Tests sich darauf beziehen, ob der Testansatz auf irgendeiner Ebene auf dem internen Design basiert oder nur auf der externen Spezifikation des Gerätes
Ist eine Entität eine Tabelle?
Die in Ihren Tabellen gespeicherten Daten sind beim Abrufen und Konvertieren in ein Objekt eine Entität. In einer Datenbank ist eine Entität eine Tabelle. Die Tabelle stellt das Konzept der realen Welt dar, das Sie modellieren möchten (Person, Transaktion, Ereignis). Einschränkungen können Beziehungen zwischen Entitäten darstellen
Was ist eine gute Anzahl von Megapixeln für eine Kamera?
Die allgemeine Regel für scharfe Ausdrucke hoher Qualität ist 300 Pixel pro Zoll. Ein 8x10-Zoll-Druck benötigt also 8x300x10x300 = 7,2 Megapixel. Mit weniger Megapixeln kann man immer noch sehr schöne 8x10-Zoll-Drucke machen, aber je geringer die Megapixelzahl, desto weicher das Bild
Ist eine Sammlung von Funktionen, die eine Antwort auf eine GraphQL-Abfrage generieren?
Um auf Abfragen zu antworten, muss ein Schema Auflösungsfunktionen für alle Felder haben. Diese Sammlung von Funktionen wird als „Resolver-Map“bezeichnet. Diese Map verknüpft die Schemafelder und -typen mit einer Funktion